محمد اسلامی در دولت دوم حسن روحانی وزیر راه و شهرسازی بود. پس از روی کار آمدن دولت سیزدهم او با حکم ابراهیم رئیسی، معاون رئیس‌جمهور و رئیس سازمان انرژی اتمی شد.