مرکز ملی فضای مجازی براساس حکمی از سوی علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی ایران، در ۱۷ اسفند ۱۳۹۰ تشکیل شده‌است. در بخشی از این حکم آمده:

شورای عالی فضای مجازی وظیفه دارد مرکزی به نام مرکز ملّی فضای مجازی کشور ایجاد نماید تا اشراف کامل و به روز نسبت به فضای مجازی در سطح داخلی و جهانی و تصمیم‌گیری نسبت به نحوه مواجهه فعال و خردمندانه کشور با این موضوع از حیث سخت‌افزاری، نرم‌افزاری و محتوایی در چارچوب مصوّبات شورای عالی و نظارت بر اجرای دقیق تصمیمات در همه سطوح تحقق یابد.

ریاست این مرکز برعهده ابوالحسن فیروزآبادی است. این نهاد از سال ۱۳۹۶ به دلیل «نقض حقوق بشر از طریق اعمال سانسور و محدود کردن آزادی بیان در اینترنت» تحت تحریم‌های وزارت خزانه‌داری ایالات متحده قرار دارد.